施工过程是将投资方案变成实体的过程，建设项目投资的主要资金输出也发生在施工阶段，所以做好施工阶段的审计工作至关重要。由于建设项目施工周期长，施工环境、施工工序繁琐等特点，在施工过程中，许多不可控因素的发生会导致施工工期变化、施工方案调整等情况的发生。审计人员需进入施工现场进行审计，不仅可以随时了解施工动态与进度，而且可以更加直接、明确的掌握项目的总体进展状况。在施工阶段应重点做好隐蔽工程及工程量变更的审计工作。

1、隐蔽工程的跟踪审计

隐蔽工程包含基础工程、钢筋工程、管道工程等主体工程，占据了项目施工中相当重要的一部分。隐蔽工程的施工工序会被下一道施工工序覆盖，若隐蔽工程发生质量问题，工程的返工会给工程造成巨大的损失，所以应做好隐蔽工程的审计工作。审计人员应履行好审计职 责，深入施工现场，做好隐蔽工程的施工记录，必要时需拍照并做好记录。在施工过程中应重点审查施工工序是否与设计图纸一致，施工质量是否符合标准要求。同时还应参与到材料采购、合同签订的过程中去。在隐蔽工程竣工验收阶段，应重点审计隐蔽签证的项目名称与签证内容是否准确，是否有业主单位、监理单位和施工单位的签字盖章。

2、工程量变更的跟踪审计

在工程竣工结算过程中，最终结算价款与合同规定的价款之间的差异主要来自于工程量变更所产生费用，如果未做好工程变更的记录工作，会为后期的工程索赔带来纠纷。审计人员应做好工程变更签证及工程变更价款的审计工作。工程量变更主要来自设计变更及施工措施变更。应审查工程量变更流程是否准确，设计变更签证或工程量变更签证是否属实，工程变更价款的确立是否符合合同的相关规定或实际市场价格。避免出现虚假变更、伪签证或工程变更价款虚高等情况的发生。另外，审计人员深入到施工现场，应与施工方及监理方做好沟通，提前发现施工现场需要变更的项目，避免因变更造成的施工返工或延长施工工期。

3、材料价格的跟踪审计

材料成木价格是工程造价的主要组成部分，我国现有的法律法规对市场行为的约束还不够,以致建材市场中的施工材料良莠不齐，价格差好大造成了物资采购审计的工作量大且繁琐。因此，无论采用甲供乙定的供应方式还是采用甲供材料的供应方式，审计人员都应做好市场调查，重点审计材料的规格、性能是否符合设计图纸要求，材料是否按时供应到施工现场，材料数量是否满足建筑需求等。确保在保证材料质量的情况下降低材料成本，节约投资。

4、工程进度款拨付的跟踪审计

工程进度款应依据合同的约定进行拨付。工程进度款的计算主要涉及工程量和综合单价两个方面。工程价款的拨付，应在施工过程中双方确认计量结果后14天内，按完成工程数量支付工程进度款。发包人应按不低于工程价款的60%不高于工程价款的90%的比例进行支付。在此期间，审计人员应重点审查施工单位提交的工程形象进度报表中所涉及的工程量是否在合同约定范围内，工程量计算是否准确，工程量变更签证是否有效，综合单价及材料变更价的确立是否有效。