无论以哪种方式形成的建设工程合同都有三种情况：无效合同、可变更可撤销合同和有效合同，以下是三种情况下工程合同结算分析。

1.无效合同的结算

无效合同工程量清单不一致结算应如何处理?依据《招标投标法》第五十条、第五十二条至第五十五条、第五十七条等6种情形则中标无效，签订的合同当然无效。

依据《合同法》第五十二条有情形之一的，合同无效。

依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合问纠纷案件适用法律问题的解释》第一条“建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第(五)项的规定，认定无效”。

以上情况出现，无论以哪种方式签订的建设工程无效合同，如果工程已实施，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》进行结算。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”。

第三条建设工程施工合同无效，且建设工程招经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理： (一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人工请求承包人承担修复费用的，应予支持;(二)修稍复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

也就是说，建设工程合同无效，工程已实施的，参照无效合同结算条款执行。

2、可变更可撤销合同的结算

依据《合同法》第五十四条“下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或撤销。”

一方以欺诈、胁迫手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者裁撤。当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销。

当合同中的工程量清单与招标文件的工程量清单不一致，招标人在依据法律、行政法规和部门规章编制的评标标准进行认真细致评标之后， 又能提出合法有效证据证明合同中的工程量清单有重大误解或违背了真实意思。这种情况在实务中很少见。

合同已经人民法院或仲裁机构变更的，工程结算按变更后的合同结算，合同未变更或撤销按原合同结算，已撤销的参照原合同结算条款执行。

3、有效合同的结算

依据《建筑法》第三条“建筑活动应当确保建筑工程质量和安全，符合国家的建筑安全标准”。《合同法》第二百六十九条“建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同”。也就是说：承包人先进行工程建设，工程符合质量和安全要求验收合格，发包人依据合同支付价款。

基于以上的分析，合同中工程量清单与招标文件中工程量清单不一致，大多数情况都归因于招标人责任。在结算阶段的依据是建设工程合同文件，而不是招标文件。发改委2007版《标准施工招标文件》和住房城乡建设部2013版《标准工程施工合同(示范文本)》(CF-2013-0201)合同条件中，已明确招标文件不是合同文件构成部分。也就是说，“合同中工程量清单与招标文件工程量清单不一致”是伪命题，因为招标文件不是合同文件。

发包人硬性分为“合同中工程量清单与招标文件中工程量清单不一致”是合同争议，依据合同争议解决条款进行仲裁或诉讼。无论投标人是否有意为之，仲裁机构或法院依据的都是合同文件而把招标文件排除在外。除非招标人能够提出合法有效证据证明是合同中的工程量清单有重大误解或违背了真实意思。

无论合同是否有效，办理结算的重要参考依据都是合同结算条款和工程量清单，招标文件的工程量清单不是结算依据。